《公司法》修改完善公司组织机构运行规则和治理规则
1、完善公司组织机构运行和治理规则，使其更具有技术性、可操作性。从公司组织机构运作技术层面和规则的角度健全公司分权制衡机制，完善公司治理结构，提高公司组织机构运作效率。
（1）完善股东会、董事会、监事会的召集和主持规则，通过分权制衡确保公司组织机构正常运行及其功能的正常发挥。
（2）完善了董事、监事任期和改选制度，强化董事、监事的法定职责。
（3）对股东会、董事会的表决方式作出明确规定。
（4）强化监事会的监督职权。
2、对股份公司的治理规则作出特别规定。
（1）增加规定股份公司股东大会选举董事、监事可实行累积投票制。使小股东更有机会和可能将其代言人选入董事会和监事会，扩大小股东的话语权，增强小股东表决权的含金量，平衡小股东与大股东之间的利益关系。（106条）。
（2）增加规定股份公司重大资产买卖和对外担保依据公司法和公司章程规定必须经股东大会作出决议。董事对违反股东大会决议（包括法律、行政法规或公司章程）的董事会议承担责任（105、113条）。
（3）增加规定股份公司不得直接或者通过子公司向董事、监事、高级管理人员提供借款，属于股份公司法定的禁止行为，属于强行性规范，而且不同于第149条第（三）、（四）项的禁止行为。因为后者并非完全禁止，属于有条件的禁止，即只要不违反公司章程的规定或经股东会、股东大会或者董事会同意，董事、高级管理人员可以与本公司订立合同或者进行交易，可以将公司资金借贷给他人或者以公司财产为他人提供担保（116、149条）。
3、对上市公司的组织机构、治理规则作出特别规定
（1）增加规定上市公司的特别决议事项，完善其重大交易决策机制。即一年内购买、出售重大资产或者担保金额超过公司资产总额30%的，应当由股东大会作出决议，并经出席会议的股东所持表决权的2/3以上通过（122条）。
（2）增加规定上市公司设立独立董事制度，并授权国务院制定具体办法（123条）。
（3）增加规定上市公司董事会秘书的法律地位与具体职责，即负责公司股东大会和董事会会议的筹备、文件保管、股东资料管理和办理信息披露事务等事宜，有助于完善上市公司治理结构（124条）。
4、授权公司章程，给股东和公司自治以更大范围和空间。
公司自治的主要手段是公司章程自治。新《公司法》减少了原公司法中的强行性规范，扩大了任意性、赋权性规范，即授权股东通过公司章程对许多事项进行直接规定，甚至明确规定公司章程的效力优先或高于法律的一般倡导性规定，充分体现了股东和公司自治的精神与理念。有限责任公司因人合性与资合性并重而比资合性更强并更多涉及公共利益和交易安全的股份公司具有更多的任意性规范。
5、遵循扩权与扩责同步制衡的现代公司治理原则，强化控股股东、实际控制人的义务与责任，完善关联交易规制制度。
（1）新《公司法》在强化股东权利的同时，第20、21条规定公司股东（尤其是控股股东、实际控制人）权利不得滥用的基本原则。公司股东滥用股东权利（包括关联关系）给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任；而关联交易的义务主体和范围明确为公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员。
（2）公司转投资限制的放宽也会带来相互持股现象，以及相互持股公司的股东或管理层滥用控制权与关联关系损害其他股东或公司利益，故新《公司法》第217条对控股股东、实际控制人、关联关系的适用范围作出明确解释，为相关制度、规则的完善提供保障。
（3）新《公司法》第16条第二、三款明确规定公司为公司股东或者实际控制人提供担保的情况下，由于构成关联交易，存在利益冲突，为防止关联人控制而损害公司和其他股东利益，规定必须经股东会或者股东大会决议，并且实行关联股东回避表决制度。
（4）新《公司法》第125条明确规定上市公司关联董事回避制度及相关事项表决规则。上市公司中与董事会决议事项所涉及的企业有关联关系的董事，为关联董事，不得对该项决议行使表决权，也不得代理其他董事行使表决权，即必须自行回避。该董事会决议由过半数的非关联董事出席且由过半数的非关联董事通过。为了避免董事会表决时董事人数过少，决议不能体现董事会整体意志，明确规定表决时非关联董事最低法定人数为3人，不足最低法定人数时，董事会须将该事项提交股东大会审议。
